http://thinkit.co.jp/story/2011/07/26/2210?page=0,1

■SSH鍵認証
インストールしたサーバーへのSSHログイン認証の方法がパスワード認証のままだと外部からのアクセスでアカウント名とパスワードが一致するだけでログインされてしまいます。このようにパスワード認証は外部からの不正アクセスという危険が伴うので、マルチユーザー環境ではSSH鍵を用いた認証方法に統一しておくと安心です。
そこでここではWindows用SSHクライアントであるPuTTYを使ってサーバーにSSH鍵認証する方法をご紹介します。
　→参照：PuTTY: A Free Telnet/SSH Client（英語）

■秘密鍵と公開鍵を生成する

まずは秘密鍵と公開鍵を生成します。どういった方法でそれらを生成しても構いませんが、ここではPuTTYに付属しているPuTTYgenを使ってみたいと思います。PuTTYgenを起動し「Generate」ボタンを押すと、ブランクエリアでランダムにマウスを動かすよう指示があるので、その通り行います。
その後「Save private key」が押せるようになるので、押して秘密鍵を適当な場所に保存します。そしてそれをPuTTYの設定で「接続」→「SSH」→「認証」内の「認証のためのプライベートキーファイル」内に入れます。
次に公開鍵ですが、ここでは「Save public key」を押さないことに注意してください。「Save public key」で保存される公開鍵はPuTTY用となるため、その代わりに[Key]オプションの[Public key for pasting into OpenSSH authorized_keys file]欄に表示されている公開鍵をどこかに保存しておきます。

■サーバー上での作業

先ほど保存しておいた公開鍵を「authorized_keys」というファイルに追加します。
$ su - user
$ mkdir /home/user/.ssh
$ chmod 700 /home/user/.ssh
$ cd /home/user/.ssh
$ cat id_rsa.pub_host1 >> authorized_keys
（ここで先ほど生成した公開鍵をコピー&ペースト等で流し込みます）

$ chmod 600 authorized_keys
すると、PuTTYからサーバーに安全にSSH接続できるようになります。